1.含义上的区别
法人股东亦称单位股东，是指以公司或集团(机构)名义占有其他企业股份的股东。
自然人股东是具有公民身份的个人投资者，在他进行公司的投资以后通过公司所在地的工商局注册，进行公司股权登记，就成为自然人股东。自然人是基于自然出生而依法在民事上享有权利和承担义务的个人。股东是股份制企业的出资人或叫投资人。
2.性质上的区别
法人股东的性质是一个组织，是作为抽象的依法拟制的实体。其权利义务的行使承担，需通过具体人的行为来完成，方式为派出股东代表，凭授权委托手续代表其完成，后果由组织承担。
自然人股东的性质为—个具体的人。个人享有并直接行使股东权利并承担义务，如参加股东会、查阅财务会计资料、领取股红等。
3.主体资格上的区别
法人股东的主体资格是一般依法设立的各类企业法人，均有权对公司投资，成为公司的股东，而没有专门的限制。企业法人对公司出资成为公司股东的前提是具有民事权利能力。该企业法人必须依法存续。
自然人股东的主体资格是在自然人进行公司的投资以后，通过公司所在地的工商局注册，进行公司股权登记，就能成为公司的自然人股东。
由此：主要区别仅在于权利义务行使承担方式上有别。权利义务的实质内容无区别，都享有知情权、收益权、优先受让和认购新股权、选择、监督管理者权。
税务上的比较
（1）从被投资企业分红时
◆ 个人作为股东从被投资企业分红时，根据《个人所得税法》第2条、第3条的规定，应按“利息、股息、红利所得”的税目，20%的税率，计算缴纳个人所得税。
注：若是外籍个人从外商投资企业取得的股息、分红，根据《财政部、国家税务总局关于个人所得税若干政策问题的通知》财税字〔1994〕20号第2条的规定，免征个人所得税 。
◆ 公司作为股东从被投资企业分红时，根据《企业所得税法》第26条第2项以及《企业所得税法实施条例》第83条的规定，居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益为免税收入。因此，公司取得分红时，免征企业所得税。
（2）转让被投资企业的股权时
◆ 个人作为股东转让被投资企业的股权时，根据《个人所得税法》第2条、第3条的规定，应按“财产转让所得”的税目，20%的税率，计算缴纳个人所得税
◆ 公司作为股东转让被投资企业的股权时，根据《企业所得税法实施条例》第16条以及《企业所得税法》第5条的规定，转让企业股权时，需按25%的税率，以卖出价减去买入价的差额，计算并缴纳企业所得税。
(注：若以公司的身份将取得的税后分红再向投资者个人进行分配时，则投资者个人还需要缴纳20%的个人所得税。)
综上，从税务上来看，如下表所示，以公司的名义进行投资，税负比较轻。
法律上的比较
就法律上的比较而言，根据《公司法》第20条第3款“公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任”的规定，在满足下列条件时，公司债权人有权要求股东对公司债务承担连带责任。
（1）股东实施了滥用公司人格的行为，如人格混同、财产混同、虚假股东、不正当控制等；
（2）上述行为造成了债权人利益的损害；
（3）公司没有清偿能力。
因此，在被投资企业的法人人格被否认的情况下，即不再承认股东的有限责任，个人身份的股东存在着承担连带责任从而导致财产“破产”的可能，而公司身份的股东即使承担连带责任导致破产通常也不会累及投资者个人。
综上，使用公司的身份作为股东进行投资，在法律上的风险要小于以个人的身份作为股东进行投资。
自然人股东的优势：
1、公司操作灵活，不需要法人公司盖章；
2、帐务比较单一，不需要法人公司进行合并报表；
3、从表面上减少了与法人公司单的关联性交易判断。
自然人股东劣势：
1、由于没有法人公司作后盾，对外的实力不够强；
2、分配股利时需要计算个人所得税。
法人股东的劣势：
1. 法人股东可能被监管的力度更大，自然人股东被监管的力度相对小
2. 年审税审，有的地方法人股东必须要出报告。